Ծնվել է հուլիսի 6(18)–ին, Կ.Պոլսում, դրամագետ–հնագետի ընտանիքում։ Սկզբնական կրթությունը տեղի Չալըխյան վարժարանում ստանալուց (1830-32) հետո ուսումը շարունակել է Վենետիկի Մխիթարյանների դպրոցում(1832-41)։ Հետագայում աշխատել է Ռափայելյան Վարժարանում որպես ուսուցիչ (1841-50, ապա՝ 1866-72), տեսուչ (1848-ից), «Բազմավեպ»ի խմբագիր(1849-51), ուսուցիչ Փարիզի Մուրատյան վարժարանում(1859-61)։ 1872–ից ամբողջովին նվիրվել է գիտական գործունեության։ Եղել է Ֆրանսիական ակադեմիայի Պատվո լեգեոնի դափնեկիր(1886), Ենայի փիլիսոփայական ակադեմիայի պատվավոր անդամ և դոկտոր, անդամակցել է իտալական և ռուսական գիտական ընկերությունների։ Մահացել է նոյեմբերի 9–ին և թաղվել Վենետիկի Ս.Ղազար կղզում։
Գրական Ասպարեզ
Ալիշանը գրական ասպարեղ է իջել որպես բանաստեղծ։ Շարունակելով Մխիթարյանների գրական ավանդները՝ սկզբում գրել է կրոնական թեմաներով, գրաբարով։ Հայ ժողովրդի ազգային ինքնագիտակցության և համախմբման շրջանում, երբ ժողովրդի ազատագրական ձգտումները նոր մարմնավորում էին ստանում, Ալիշանի ստեղծագործությունը դարձավ դրա արձագանքն ու արտացոլումը։ Այդ երկերում, որոնք գրված են աշխարհաբարով, նա պատկերել է հայ ժողովրդի պատմական անցյալի հերոսական դրվագները։ 1847-60–ին «Բազմավեպ»–ում Նահապետ ստորագրությամբ Ալիշանը հրատարակել է մի շարք բանաստեղծություններ և պոեմներ («Ողբամ զքեզ, Հայոց աշխարհ», «Հրազդան», «Մասիսու սարերն», «Աշոտ Երկաթ ի ծովուն Սևանա»), որոնք նրա պոեզիայի բարձրակետն են։
Ալիշանը իր ուժերը փորձել է նաև գեղարվեստական արձակում՝ հրատարակելով «Յուշինք հայրենեաց հայոց» պատմա–գեղարվեստական ստեղծագործությունը։ Հայ ժողովրդի հերոսական անցյալի օրինակավ նա երիտասարդ սերնդին սովորեցրել է սիրել հայրենիքը, չխնայել կյանքը հրա փրկության համար («Կարմիրն Վարդան»), գնահատել ու պահպանել ժողովրդի մշակույթը («Աբգար Դպիր»)։
Ալիշանի վերաբերմունքը հայոց լեզվի նկատմամբ ակներև է դարձնում հետևյալ մեջբերումը Ալիշանից. «Լեզուն կորսնցնելե յետև և մանավանդ անոր հանդեպ անհոգ ըլլալեն ետև մէկ ալ ազգային սովորությունք և հիշատակք և նշանք շուտով կկորսվին»:
Տիրապետելով եվրոպական ու ասիական բազմաթիվ լեզուների՝ Ալիշանը կատարել է մի շարք թարգմանություններ։ Նա եղել է հայ ժողովրդական բանարվեստի առաջին գնահատողներից և բանահավաք–ուսումնասիրողներից։ «Հայոց երգնք ռամկականք»(1852) ժողովածուն մեր գիտական բանագիտության առաջին աշխատություններից է։ Իր լավագույն ստեղծագործություններով Ալիշանը հաղթահարել է կլասիցիզմը և ուղի հարթել ռոմանտիզմի համար՝ դառնալով այդ ուղղության հիմնադիրներից մեկը հայ գրականության մեջ։
Կոչ անելով հայությանը «զանքն ի ձեռին» ազատագրել հայրենիքը, պայքարով ձեռք բերել սեփական ազատությունն ու անկախությունը՝ Ալիշանը, սակայն, ապագա Հայաստանի հասարակական–քաղաքական կառուցվածքը պատկերացրել է որպես լուսավորյալ միապետություն («Յուշիկք...»–ի «Ըսկիզբն տարւոյ և մարկութեան ի Հայս», «Աշոտ Ա և Հայաստան հազար տարի առաջ» գլուխները)։
Գիտական ասպարեզ
Գիտական հոդվածներով Ալիշանը հանդես է եկել 1843–ից՝ «Բազմավեպի»–ի էջերում։ «Տեղագրի Հայոց Մեծաց»(1855) աշխատության մեջ տեղագրել է պատմական Հայաստանի գավառները, տվել նրանց համապատասխան գիտա–աշխարհագրական բնութագրությունը։ Ալիշանը նախատեսել էր գրել պատմական Հայաստանի բոլոր 15 նահանգների մասին պատմա–աշխարհագրական բնույթի աշխատություններ, որոնք պետք է զետեղվեին 20-22 մեծադիր հատորներում։ Շարքի առաջին գործն է «Շիրակ»ը (1881), որտեղ Ալիշանը, բնավ Հայաստանում եղած չլինելով, հանգամանալից քննության է ենթարկել այդ գավառի պատմությունն ու աշխարհագրությունը։ Այնուհետև իրար են հաջորդել «Սիսուան»(1885), «Այրարատ»(1890) և «Սիսական»(1893) աշխատությունները, որոնք չհնացող կոթողներ են հայագիտության գանձարանում։ Այդ գործերում Ալիշանը մասնագիտական մանրակրկիտությամբ տեղագրել է Հայաստանի պատմական նահանգների լեռները, գետերը, լճերը, ձորերը, արժեքավոր տեղեկություններ հաղորդել քաղաքներում, շեներում ու գյուղերում եղած մեծ ու փոքր պատմական հուշարձանների մասին։ Նրա տեղագրական երկերում հավաքված են բազմաթիվ մեծարժեք նյութեր հայկական վանքերի, զանազան հուշարձանների վրա եղած արձանագրություններից, ամփոփված են իր նկարագրված բոլոր արձանագրությունները։ Ալիշանը հետևել է ժամանակին լայն տարածում ստացած «աշխարհագրական ուղղությանը», ըստ որի մարդկային հասարակության զարգացման հիմնական ազդակը աշխարհագրական միջավայրն է։ Նրանով են պայմանավորվում երկրների ու ժողովուրդների միջև եղած տարբերությունները։
1881-ին Վենետիկում կայացած աշխարհագրագետների համաշխարհային երրորդ կոնգրեսում Ալիշանը կարդացել է «Հայկական աշխարհագիտություն» թեմայով զեկուցում, որտեղ, ի թիվս Հայաստանի աշխարհագրության հետ առնչվող բազում հարցերի, պաշտպանել է այդ տեսությունը։
Ալիշանը կարևոր ներդրում ունի մի շարք հայ պատմիչների գործերի գիտական հրատարակման բնագավառում։ Դրանցից են՝ Կիրակոս Գանձակեցու «Համառօտ պատմութիւն»(1865), Լաբուբն ասորի մատենագրի «Թուղթ Աբգարու...», Խոսրով Անձևացու «Մեկնութիւն աղօթից պատարագին»(1869), «Կամենից, Տարեգիրք հայոց Լեհաստանի և Ռումենիոյ»(1896) երկերը, «Աոփերք հայկականք» մատենաշարի 22 հատորիկները(1853-61)։
Ուշագրավ են Ալիշանի «Հայբուսակ կամ հայկական բուսաբառութրւն»(1895), աշխատությունը, ուր հավաքել, դաս–դասել և գիտականորեն բնութագրել է հայկական բնաշխարհի ավելի քան 3400 բույսեր ու ծաղկատեսակներ։
Իր գիտական հսկայական ժառանգությամբ (ավելի քան 45 հատոր) Ալիշանը մեծապես նպաստել է հայրենական գիտության զարգացմանը։ Նրա գործերից շատերն այսօր էլ ունեն ճանաչողական արժեք և սկզբնաղբյուրի նշանակություն։